Какие инструкции по ОТ действуют три года, а какие 5 лет?

Срок действия инструкций 5 лет, если нет досрочного перерассмотрения, но не более 2-х сроков.
Постановление Минтруда от17.12.2002 №80.

Да, конечно.

Согласно Методическим рекомендациям по разработке государственных нормативных требований охраны труда, утвержденным Постановлением Минтруда России от 17 декабря 2002 г. № 80, установлены следующие сроки действия ИОТ:
- для межотраслевых и отраслевых типовых инструкций по охране труда эти сроки устанавливаются с учетом сроков действия соответствующих правил по охране труда, (п.4.10). В свою очередь правила, нормы и другие НПА принимаются сроком на 5 лет и могут быть продлены не более чем на два срока, (п.2.4);
- для вводимых в действие новых и реконструированных производств допускается разработка временных инструкций по охране труда для работников
на срок - до приемки указанных производств в эксплуатацию, (п.5.5);
- для инструкций по охране труда пересмотр должен производиться не реже одного раза в 5 лет, (п.5.6). В пределах этого срока отраслевыми правилами могут быть установлены конкретные сроки пересмотра ИОТ для работников, а при их отсутствии они устанавливаются работодателем;
- инструкции по охране труда для работников могут досрочно пересматриваться:
а) при пересмотре межотраслевых и отраслевых правил и типовых инструкций по охране труда;
б) изменении условий труда работников;
в) внедрении новой техники и технологии;
г) по результатам анализа материалов расследования аварий, несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний;
д) по требованию представителей органов по труду субъектов Российской Федерации или органов федеральной инспекции труда, (п.5.7).
Если в течение срока действия инструкции по охране труда для работника условия его труда не изменились, то ее действие продлевается на следующий срок (5.8).

А МУ, как свое ЛНА нельзя руководствоваться?

сроком пересмотра НПА, технологических процессов и паспортов на оборудование, на основании которых ИОТ разработаны