Вот образцы форм, которые сейчас действуют. Вкратце - отчетность по воздуху сдается только после оформления тома ПДВ и разрешений на выброс, в которых будет указано сколько тонн в год ваше предприятие выбрасывает основных загрязняющих веществ (например оксид углерода, оксиды азота и т.д.). Форма по отходам заполняется по всем видам отходов, которые складируются или передаются другим предприятиям (бытовой мусор, люминесцентные лампы и пр.). У вас должны быть разрешения на складирование (если вы храните их у себя) или договора на вывоз и переработку (если у вас их вывозят на организованные свалки или предприятия переработки). Форма по воде - учитываются данные водоканала (сколько воды вам передано, сколько ее использовано без сброса (то есть не поступило в канализацию) и сколько вод ушло в канализационный коллектор). На всякий случай уточните в управлении горводоканала сколько в квартал у вас проходит воды. В общей форме указывается сумма, которую вы потратили на охрану ОС.
И еще - сходите в орган Госкомстата и уточните все по экологии, там вам все подробно расскажут и объяснят, куда обращаться для оформления тома ПДВ и других расчетов.