Не ищите здравый смысл там, где его нет. Есть десятки вариантов интерпретаций этого документа, продолжающего парить мозги вот уже второй десяток лет.
В качестве примера можно привести один из популярных сейчас вариант, о котором Вы пишете, что "сама организация не может проводить обучение по охране труда не имея лицензии ( и номера в реестре Минтруда согласно Приказа Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 1 апреля 2010 г. N 205н), преподавательского состава и материальной базы".
Но во-первых, в приказе речь идет не о лицензировании, а об аккредитации организаций для получения права заниматься обучением вопросам ОТ.
Во-вторых, приказ относится к организациям, оказывающим работодателям услуги в области охраны труда. И если не извращаться, то приписывать работодателю деятельность по оказанию услуг в области охраны труда самому себе довольно сложно. Так можно в конце-концов и до проведения инструктажей по охране труда добраться. Кстати, в преамбуле приказа записано, что он соответствует нормам ТК РФ, хотя приводятся и совершенно правильно нормы другого - Гражданского кодекса РФ.
В-третьих, в Порядке 1/29 предусмотрено, что "руководители, специалисты, инженерно-технические работники, осуществляющие организацию, руководство и проведение работ на рабочих местах и в производственных подразделениях, а также контроль и технический надзор за проведением работ", обучаются не в шаражкиных конторах, даже если те имеют аккредитацию, а "в обучающих организациях федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации в области охраны труда", что повсеместно игнорируется.
В четвертых, в том же пункте Порядка 1/29 предусмотрено: "Руководители и специалисты организации могут проходить обучение по охране труда и проверку знаний требований охраны труда в самой организации, имеющей комиссию по проверке знаний требований охраны труда".
Таким образом, у работодателя есть выбор: направить работника в обучающую организацию федерального или регионального уровня или он может организовать обучение у себя. В принципе, если обучение проводилось в иной обучающей организации, что противоречит Порядку, то его при желании можно признать не легитимным.
В пятых, согласно п. 2.4 Порядка 1/29, работодатели, как и обучающие организации могут сами разрабатывать и утверждать программы обучения, но в отличие от последних им необязательно иметь штатных преподавателей.
А для того, чтобы дать по рукам работодателям, организующим обучение и проверку знаний у себя в организации, и придумываются, а далее широко распространяются различные интерпретации НПА.